La formation en informatique à l’ISAE-ENSMA porte sur divers langages de programmation tels que le langage C/C++, Fortran, ADA, LabVIEW etc. Certains élèves maîtrisent également le langage SQL, Python ou Java. Par ailleurs, l’école dispose d’une spécialisation en informatique, systèmes embarqués et avionique en troisième année.